Hasła użytkowników programu przechowywane są w bazie danych w postaci skrótów wygenerowanych algorytmem SHA256 (rozmiar skrótu 256 bitów).
Komunikacja między każdym z modułów jest szyfrowana.
Kanał transportowy (TCP) między klientem, a serwerem jest szyfrowany algorytmem AES (Rijndael). Kluczem jest skrót hasła użytkownika, a wektor jest generowany i przekazywany przy każdym żądaniu.
Dane przetwarzane w bazie danych nie są szyfrowane. Zabezpieczenie przed nieuprawnionym dostępem do serwera aplikacji oraz serwera bazy danych leży po stronie Administratora.
Agenci LOG System są specyficznym rodzajem klientów serwera aplikacji o bardzo ograniczonych możliwościach. Ze względu na specyfikę pracy w trybie usługi systemowej nie podlegają klasycznej metodzie uwierzytelniania, tak jak użytkownicy logujący się do serwera za pomocą konsoli administracyjnej.
Klucz użyty do szyfrowania komunikacji agent-serwer jest przechowywany w pliku konfiguracyjnym usługi agenta - jest on generowany raz dla instancji serwera aplikacji w momencie pierwszego jej uruchomienia i zapisywany automatycznie w pliku konfiguracyjnym agenta w momencie eksportu z konsoli administracyjnej.
Stroną inicjującą połączenie w komunikacji agent-serwer są tylko i wyłącznie agenci.
Celem podniesienia bezpieczeństwa systemu należy zadbać, aby użytkownicy logujący się do stacji roboczych, na których pracują agenci, nie posiadali uprawnień administracyjnych.